Bioperl的安裝（一）

2019-11-06 08:21:42

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供稿：網友

bioperl就是相當于一個大柜子，里面有各種關于生物信息分析的perl腳本，功能非常強大。但是由于不是一個安裝包，可以一鍵安裝，所以安裝的過程有點點麻煩。作為一個專注于生物信息分析的人士，有必要下一個這個東西來擺擺譜。檢驗是否安裝了bioperl的兩種方法： 1，在終端。輸入以下命令：perldoc Bio::SeqIO或 perldoc Bio::SearchIO 2，運行perl Bio::Perl命令。有顯示內容就是成功了網上有這樣的幾種安裝方法：1 sudo apt-get install bioperl （Ubuntu里貌似有源） 2 用CPAN perl -MCPAN -e shell cpan>d /bioperl/ cpan>install S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz （選擇其中的一個）或者是cpan>force install S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz（force強制安裝，不會報錯）接下來就是會出現一些選擇?；旧衔叶际沁xY[yes]，或A[all]。搞不錯啥意思~最后安裝好了測試一下。如運行perl Bio::Perl命令。有顯示內容就是成功了這兩種方法我都沒有成功還有一點我要說一下，用cpan安裝的是buddle-bioperl，只是bioperl常用的部分。完整的bioperl還是需要去官網上下載同時如果所有的方法都不行的話，你還可以用cpan對要用到的模塊進行單獨的安裝， 1、確定cpan能用。>perl -MCPAN -e shellcpan>install Bundle::CPANcpan>q2、升級cpan，保證安裝的模塊是最新的。>cpancpan>install Module::Buildcpan>o conf PRefer_installer MBcpan>o conf commitcpan>q3、安裝Bioperl最重要的模塊SeqIO(該模塊可以實現文件格式轉換，計算序列長度，blast信息提取等)，中間會有些選項要求選擇，一路回車采用默認的就行了。cpan>install Bio::SeqIO4、安裝SeqFeature模塊（序列特征信息的獲取或解析）。cpan>install Bio::SeqFeature5、安裝GenBank模塊cpan>install Bio::GenBank6、安裝AlignIO和AlignI模塊（數據格式格式轉換）。cpan>install Bio::AlignIOcpan>install Bio::AlignI7、安裝DNAstatistics模塊（序列統計分析，進化距離計算）。cpan>install Bio::DNAstatistics 3下載最新的版本來安裝 前準備：首先確保你是安裝了perl,且版本在5。8以上，通過perl -version可以查看1>確定cpan能用>perl -MCPAN -e shellcpan>install Bundle::CPANcpan>q2>升級cpan，保證安裝的模塊是最新的.同時module::build是輔助模塊，它的安裝依賴于其他模塊，所以先安裝這些模塊 >cpancpan>install Module::Buildcpan>o conf prefer_installer MBcpan>o conf commitcpan>q3>下載最新版本的bioperl下載地址：http://www.bioperl.org/wiki/Getting_BioPerl（我選擇的是1.6版）>tar xvfz BioPerl-1.6.0.tar.gz>cd BioPerl-1.6.0>perl Build.PL>./Build test>./Build install因為安裝的過程中發現我沒有權限所以只有>cd BioPerl-1.6.0>perl Build.PL --install_base /sam/bioperl>./Build test>./Build install最后呢我還修改一下bioperl模塊下載地址1>先安裝local::lib模塊在cpan上搜索，下載，解壓縮cd ../locallibperl Makefile.PLmake install2>修改cpan下載地址cpancpan > o conf makepl-arg INSTALL_BASE=/sam/boperl/biolib/lib/perl5 >o conf mbuil-arg "--insatll_base /sam/biopel/lib/perl5" >o conf commit 參考網頁：柳城博客http://liucheng.name/765/ 生物信息博客 http://bioinformation.cn/?tag=bioperl安裝官網：http://www.bioperl.org/wiki/Installing_BioPerl 《perl語言入門》ps:1,安裝過程中，最大的問題就是權限問題，因為cpan工具默認把模塊安裝到與perl解析器相同的目錄，但你可能沒有往這個系統寫文件的權限，所以導致有的時候安裝不上。 2,這么下來，我再用上面提到的兩種方法一檢驗，我自己都不知道我的是否安裝上，有待以后的考證。

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