如果Windows 98系統沒有完全崩潰，但有些系統錯誤通過磁盤掃描或糾錯軟件又沒法修復，這時可以使用Windows 98的部分恢復安裝程序。這個安裝程序可以在Windows 98光盤的TOOLS文件夾里找到。

轉入DOS狀態，進入TOOLS/SYSREC目錄，運行PCRESTOR，安裝程序將會啟動。這種安裝的速度和硬盤安裝系統的速度差不多，它不會造成數據丟失。同時，重新設置硬件時，一般都會自動完成。