一個轉換程序，簡單的把DNA序列中的A轉變成T，第一種情況沒有使用私有變量。
代碼如下:
#!/bin/perl
#下面是一段DNA序列 
$DNA=ATTATATAT;#這里是我們的序列 
$result=A_to_T($DNA); 
print "I changed all $DNA A to T, and the we get the result $result/n/n"; 

sub A_to_T  
{ 
   my ($input)=@_; 
   $DNA=$input;#沒有使用私有變量 
   $DNA=~s/A/T/g; 
   return $DNA; 
}

結果如下：
F:/>perl/a.pl 
I changed all TTTTTTTTT A to T, and the we get the result TTTTTTTTT 

F:/> 
這里我們發現$DNA的值變成了TTTTTTTTT，而不是以前ATTATATAT。這是因為在子程序中，我們使用了同樣的$DNA 變量，而在子程序中它的值已經被改變了。所以輸出的時候就是改變以后的值。

下面把子程序中的 $DNA 進行私有變量聲明：

代碼如下:
#!/bin/perl
#下面是一段DNA序列 
$DNA=ATTATATAT; 
$result=A_to_T($DNA); 
print "I changed all $DNA A to T, and the we get the result $result/n/n"; 

sub A_to_T  
{ 
   my ($input)=@_; 
   my $DNA=$input; 
  $DNA=~s/A/T/g; 
  return $DNA; 
}

結果如下：
F:/>perl/a.pl 
I changed all ATTATATAT A to T, and the we get the result TTTTTTTTT

F:/>

這樣就正常了。

當然你可以說，在子程序中可以完全不用$DNA這一個變量，就如同下面一樣：

代碼如下:
#!/bin/perl
#下面是一段DNA序列 
$DNA=ATTATATAT; 
$result=A_to_T($DNA); 
print "I changed all $DNA A to T, and the we get the result $result/n/n"; 

sub A_to_T  
{ 
   my ($input)=@_; 
   $dna_to_change=$input; 
   $dna_to_change=~s/A/T/g; 
   return $dan_to_change; 
}

得到的也是正常的結果：
F:/>perl/a.pl 
I changed all ATTATATAT A to T, and the we get the result 

F:/>

但是，沒有人能夠保證你不會一時糊涂，在子程序用了程序中的變量。或者當你第一次使用的時候，可以避免，當你過來幾個月以后回過頭再來使用的時候，就不能保證完全正確了，所以為了代碼的通用性，還是在所有的子程序中使用my私有變量吧。